由于近代對疾病的認識不斷深入，新的經(jīng)驗不斷豐富，治療方法漸趨多樣化，作為辨證論治的主要工具的方劑學(xué)也隨之而得到了進一步的發(fā)展。主要表現(xiàn)在對方劑學(xué)理論研究的不斷深化，大型方書的繼續(xù)整理和編纂單方、驗方、秘方的匯編整理工作更為突出。不少醫(yī)家在努力探索中醫(yī)學(xué)發(fā)展的同時，吸收了一些近代西醫(yī)藥學(xué)的知識，編寫出一些匯集中西醫(yī)的驗方著作，從方劑學(xué)方面為中西醫(yī)的匯通做了初步嘗試。
這一時期方劑學(xué)研究的特點是由博返約，向理論研究深化。較有代表性的著作如下：
1、費伯雄《醫(yī)方論》
費伯雄著于1865年，費氏針對《醫(yī)方集解》所載方藥詳加評論，從中反映出費氏在方劑學(xué)理論研究方面的見解和成就。作者強調(diào)辨證論治，反對濫用方藥。他的評述對后世深入學(xué)習(xí)方劑理論，正確掌握制方之法及臨床用途，具有較高價值。
2、蔣方芳《時方論》
該方不僅是一部簡明實用的教本，也是當(dāng)時較好的方論著作《時方論》以闡述主理的主要內(nèi)容，所列87方(例案)，方論緊密結(jié)合，論述簡明透徹。
近百年來，不少醫(yī)家長期致力于整理編纂古今方書，取得較突出的成就，較早的有文晟輯《醫(yī)方十種匯編》。
在此之后，出現(xiàn)了多種大部頭的總結(jié)性方書，如曹繩彥《古今名醫(yī)萬方類編》、吳克潛《古今醫(yī)方集成》、察隨仙《中國醫(yī)藥匯海·方劑部》等等，并有一些溝通中西醫(yī)的著作。
這一時期，單方、秘方、驗方的收集取得較突出的成就，據(jù)不完全統(tǒng)計，先后編纂刊印的各種方書約達300種，其中有一些流傳較廣和有特色的著作。
1、鮑相璈《驗方新編》
于1846年仲春匯編成。全書約92門(部)，各病癥下附有單方、驗方，共收3240余萬。以價廉，易得，有效為原則，力求方藥穩(wěn)妥。
2、王士雄《四科簡效方》
王士雄一向重視收集單方、驗方，18454年輯《四科簡效方》便于窮鄉(xiāng)僻壤，無醫(yī)少藥之地查用；此外尚有龔自家等《醫(yī)方易簡新編》；黃伯垂《經(jīng)驗良方大全》；楊馥焦、潘之偉《經(jīng)驗秘方》李克蕙《驗方輯要》等。
此期還有不少匯通方書，如丁福?！吨形麽t(yī)方會通》，陳繼武《中西驗方新編》以及唐川《六經(jīng)方證中西通解》等。